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江苏省中医院耳鼻咽喉科--国家级重点专科
    江苏省中医院于1955年起设置中医喉科，于1972年设置中医耳鼻喉科。1999年通过专家验收确定为全国中医耳鼻咽喉科医疗中心，2002年9月被国家中医管理局确定为全国唯一的中医耳鼻咽喉科重点专科建设单位。2007年通过国家中医药管理局“十五”重点专科建设验收。2008年起被确认为国家中医药管理局“十一五”重点专科建设项目耳鼻喉科协作组组长单位。
南京市中医院肛肠科--全国中医肛肠专科医疗中心
南京市中医院肛肠科1956年由我国著名中医肛肠病专家、“丁氏痔科”第八代传人，原中华中医药学会肛肠分会主任委员丁泽民教授创建。1994年由国家中医药管理局正式评定为“全国中医肛肠专科医疗中心”。2001年成为江苏省首批重点学科和国家中医药管理局重点专科。是“十五”、“十一五”、“十二五”国家重点临床专科、重点学科，国家中医药管理局肛肠专科协作组组长单位，江苏省医学临床中心，南京市肛肠病医院，南京结直肠病研究所，建有“江苏省中西医结合结直肠肿瘤中心”（省内唯一结直肠肿瘤诊疗中心）及盆底疾病诊治中心，有全国名老中医药专家传承工作室3个，杂志编辑部1个。
江苏省中西医结合医院心血管科--国家级重点专科
江苏省中西医结合医院心血管科始建于1961年，是我国最早进行中医、中西医结合心血管疾病临床与科研的科室之一，是国家重点专科，江苏省中医示范及重点专科。现有高级职称专家6名，全科医生均获得博士或硕士学历。
江苏省中西医结合医院骨伤科--国家级重点专科
江苏省中西医结合医院骨伤科成立于1950年，是国家和江苏省重点专科，江苏省中西医结合骨科学会主任委员单位，有病床82张，医护人员30人，其中博士、博士后5名，硕士10名；教授、主任医师、副主任医师9名，研究生导师3名；获国家及省科技成果奖6项，在研课题10余项。科室和医院设备先进，拥有世界一流的进口C臂X光机、全脊椎镜（椎间孔和后路镜）、关节镜、双能骨密度仪、脊柱术中神经监护仪、螺旋CT、磁共振等设备。
江苏省中医院消化科--国家级重点专科
江苏省中医院消化科成立于20世纪50年代，奠基于著名中医药学家张泽生教授、邹良材教授。在国医大师徐景藩教授和俞荣青教授、曹蓓蓓教授、单兆伟教授、刘沈林教授等一批著名中医和中西医结合专家的带领下，发展成为全国首批中医内科学博士点，国家唯一的中医脾胃病临床研究基地，国家临床重点专科，国家中医药管理局重点学科和重点专科，溃疡性结肠炎协作组组长单位，国家食品药品监督管理局GCP中心临床试验专业科室。
南京市中西医结合医院瘰疬科——国家中医重点专科
    国家中医重点专科瘰疬科，是全国公立医院中唯一以中西医结合治疗瘰疬（淋巴结核）等中医外科疑难疾病为特色优势的专科。目前拥有副高以上专家4名，床位60张，年门诊量达1.3万以上，出院病人1000余人。建科于1969年，治愈患者逾六十万人次，治愈率达98%以上。患者来自全国各地以及日本、意大利、西班牙、巴西、古巴等国，区域外患者占百分之四十以上。承担多项国家及省市级科研项目。1978年获卫生部科技大会奖。1987年出版瘰疬病专著《瘰疬证治》。2001年和2003年两度获得南京市政府科技进步二等奖。2010年获得江苏中医药科学技术一等奖。2011年“中药新药瘰疬宁”获得国家食品药品监督管理局的临床批件。2011年中华中医药学会科学技术二等奖，2011年南京市政府科技进步三等奖。
江苏省中医院肾内科--国家级重点专科
    江苏省中医院肾内科创建于1954年，是全国成立最早的中医肾病医疗小组，时由著名中医肾病专家邹云翔教授任学科带头人。1955年起学科开始培养中医内科专业学生，1979年获硕士学位授予权，1984年获博士学位授予权，是全国首批确定的中医硕士点和博士点，1995获权建立博士后流动站。2001年和2009年2次被批准为国家中医药管理局重点学科建设单位。
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