南京市中医院肛肠科1956年由我国著名中医肛肠病专家、“丁氏痔科”第八代传人，原中华中医药学会肛肠分会主任委员丁泽民教授创建。1994年由国家中医药管理局正式评定为“全国中医肛肠专科医疗中心”。2001年成为江苏省首批重点学科和国家中医药管理局重点专科。是“十五”、“十一五”、“十二五”国家重点临床专科、重点学科，国家中医药管理局肛肠专科协作组组长单位，江苏省医学临床中心，南京市肛肠病医院，南京结直肠病研究所，建有“江苏省中西医结合结直肠肿瘤中心”（省内唯一结直肠肿瘤诊疗中心）及盆底疾病诊治中心，有全国名老中医药专家传承工作室3个，杂志编辑部1个。

    肛肠中心集医疗、教学、科研为一体，中心大楼面积1.08万平方米，内设医疗部、教学部、科研部。医疗部设有四个病区和一个河西病区，开放280张床位，设专科手术室，拥有功能完善的电子结肠镜诊疗室、盆底功能检测治疗室、完整的腹腔镜微创诊治设备以及肿瘤免疫治疗中心、放射诊疗中心、肿瘤研究室等。肛肠中心有老中青专家学者39人，年门诊量6万余人次，年收治6千余人次，专科收治病种逐年递增，迄今诊治ICD 10所涉及49类67种。采用“多专业一体化”诊疗模式、引入卓越中心管理理念，以病人为中心、以中西医结合治疗为特色（由国家中医药管理局推广）诊治疾病，开设肠造口门诊和多学科联合门诊。

    肛肠中心主要围绕结直肠肛管功能障碍性疾病、结直肠肿瘤、高位复杂性肛瘘、环状痔等肛门疾病、炎症性肠病五大方向开展中医和中西医结合的临床与基础研究。其中环状混合痔分段齿形结扎疗法、高位复杂性肛瘘的综合诊治、盆底功能障碍所致的便秘、失禁的肛管直肠测压、排粪造影、盆底肌电图、结肠传输试验等诊断新技术、便秘中西医结合治疗，腹腔镜结直肠癌手术、结直肠癌放化疗等领域居省内领先、全国先进水平。此外，还开发研制出专科系列制剂10余种。

    肛肠中心拥有一支具有丰富临床教学经验的师资队伍，担负着培养博士生、硕士生、实习生及国家级、省级肛肠进修医师的教学任务。自1985年以来已承担国家级中医肛肠进修班40余期，为全国各地培养肛肠专业骨干1千余名，其中很多已成为当地学科带头人。每年开展国家级、省级继续教育项目，同时与美国、英国、德国、日本、韩国、新加坡、泰国等国建立的学术往来日益密切。2013年承办了第十四届亚太肛肠学术会议。本中心已与美国克里夫兰医院、英国圣马克医院、欧洲生物反馈协会、日本高野病院、日本名古屋大学大学院医学系等国外结直肠中心建立长期协作关系，定期进行人才交流与互访，建立国际化的人才培养模式。

    近五年来，肛肠中心围绕主攻方向获得各类科研项目获国家自然科学基金、江苏省自然科学基金、“十五”科技支撑计划、江苏省社会发展项目等各种国家、省市级科研项目及国际合作项目30余项，获各类科技成果20余项，发明专利29项，发表SCI论文16篇，中文及科技核心期刊论文300余篇，出版专著16部。