《第二增补本》中，在中药方面，对于注射剂增加了重金属及有害物质残留量的限量要求，修订了中药材及饮片的二氧化硫残留量的限量值；对炽灼残渣检查法、黄曲霉毒素测定法、鞣质含量测定法等进行了修订和完善；附录中新增了聚合酶链式反应法鉴别药材，农药残留量测定法对于有机氯类农药残留新增了检查方法。